Kriget mellan de romerska och persiska imperierna skapade ett politiskt klimat som ledde till isoleringen av Österns kyrka från väst. Pga detta kunde inte kyrkan i öst närvara eller representeras i de första koncilierna, därmed inte heller delta eller diskutera något konciliumbeslut inklusive konciliet i Efesus 431 e.Kr.
Med hänsyn till de särskilda omständigheter som kyrkan upplevde vid denna tidpunkt blev den självständig i alla frågor tills den antog en teologi som ansågs annorlunda från andra kyrkor. Dock accepterades Nicaeas trosbekännelse 325 e.Kr. om än i en senare period i Isaks synod i 410 e.Kr. Detta var ett bevis på att oberoende av teologi betydde det att den inte var fristående från den ekumeniska kyrkan.
Interventioner med icke-kyrkliga syften drog fördel av bildandet av olika trosbekännelser samt trosformler hos de andra kyrkorna i regionen, vilka sträckte bortom gränsen fram till det romerska imperiet. Detta ledde till att konciliet i Efesus 431 e.Kr. godkände fördömandet av Mar Nestorius på grund av dennes lära, men detta påverkade inte kyrkan eftersom Mar Nestorius aldrig var deras patriark.
Österns kyrka erkände första konciliet i Nicaea 325 e.Kr. samt konciliet i Konstantinopel 381 e.Kr. Den accepterade även konciliet i Chalcedon 451 e.Kr. angående två naturer i Kristus, men avvaktade med att acceptera begreppet union mellan de två Qnouma ”hypostas”, där konciliet fastställde en Qnouma i Kristus. Tron och det teologiska arvet i Österns kyrka grundades på två naturer och två Qnouma i Jesu Kristi person.
Svårigheten med att översätta det syriska ordet ”Qnouma” till västvärldens språk ledde till att innebörden av ordet översattes felaktigt till ordet “person”, en grundtanke som var långt från kyrkans tro. Som konsekvens av detta införde Filoxenos av Mabbugh i början av det femte århundradet namnet ”Nestorian” till följarna av Österns kyrka.
Österns kyrka upprätthöll även titeln “Kristus moder” i sin beskrivning av Jungfru Maria, på grund av sin tro att titeln Kristus moder innehåller båda fullkomligt mänsklig och fullkomligt gudomlig. Österns kyrka antog senare den Antiokia lärouppfattningen mot Eutychianismen, den kristologisk lära som Eutyches utlyste.
Österns kyrkas anknytning till Nestorius, patriarken av Konstantinopel, var obefogad eftersom kyrkan betonade att dess ideologiska, teologiska och kristologiska kriterier är vad den deklarerade i sin trosbekännelse och som uttrycks genom de liturgiska bönerna och gudstjänsterna. Det är inte logiskt att kyrkan anklagas för kätteri baserat på anklagelser mot Mar Nestorius principer och övertygelser, vilka är svåra att bestrida eller bekräfta när många av hans skrifter drabbats av förstörelse.
Att anklaga Östers kyrka för kätteri var resultatet av förvirring och missförstånd i översättning av vissa ord och begrepp, vilket är vad som hände till exempel med ordet ”Qnouma”, och i detta avseende, säger Sebastian Brock att det är nödvändigt att låta ordet Qnouma skrivas som det är på sitt eget språk för att undvika missförstånd.
Det råder ingen tvekan om att förståelsen för monoteletism, läran om en natur i Kristus, innebar att förneka den mänskliga naturen i Kristus, något som Österns kyrka opponerade sig mot och utryckte sin tro på två naturer och två hypostas utan förekomsten av två personer i Kristus.
Det gäller även termen ”Theotokos” Guds moder, där en del kyrkor antar att Österns kyrka inte tror på Kristi gudomlighet. Men med användningen av termen “Kristus moder” uttrycker kyrkan att Jungfru Maria, vår Herres moder, är moder till “fullkomlig Gud” och moder till “fullkomlig människa” samtidigt. Följande är ett citat av liturgin som sjungs i slutet av mässan:
(ܡܫܝܚܐ ܐܠܗܢ ܘܡܠܟܢ ܘܦܪܘܩܢ ܘܡܚܝܢܢ ܘܫܒܘܩܐ ܕܚܛܗ̈ܝܢ)
och översätts (Kristus vår Gud, kung, frälsare, livsgivare och synders förlåtare), förutom många andra böner, särskilt läsning av Nicaeas trosbekännelse som erkänner Kristus gudomlighet och mänsklighet.
